PATTERN EXPERT amspect 2

Multivariate Datenanalyse in Massenspektren mit PATTERN EXPERT

Mit der Software amspect 2 können die Anwendungsmöglichkeiten der Massenspektrometrie deutlich erweitert werden. Oft kommt es vor, dass nicht nur einzelne reine Substanzen bestimmt werden sollen, sondern dass komplexe Gemische zu analysieren und zu charakterisieren sind. Diese Arbeit kann von Spezialisten oft nur unter sehr großem Aufwand geleistet werden. Intelligente Auswerteverfahren können hier die Arbeit ganz klar erleichtern bzw. können damit erst schwierige Aufgabenstellungen gelöst werden.

Viele Anwendungen dienen dem Ziel, eine Sammlung von Spektren zu erstellen, auf deren Grundlage vergleichende Untersuchungen durchgeführt werden können. Oft stellt sich dann die Frage nach welchen Kriterien die Qualität einer solchen Sammlung bewertet werden soll. Dabei ist die Software amspect 2 ein überaus nützliches Werkzeug. Kann man mit den Spektren erfolgreich eine Klassifikationsaufgabe lösen, dann kann man von der ausreichenden Qualität seiner Spektren ausgehen.

Zum Beispiel können mit Hilfe der Massenspektrometrie Proteine und Peptide (MALDI-TOFMS: matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, bzw. SELDI-TOFMS: surface-enhanced laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry) analysiert werden. Damit entwickelt sich die Massenspektrometrie zu einem überaus leistungsfähigen Werkzeug in der medizinischen Diagnostik und der biologischen Forschung - der Proteomics.

Es seien hier einige Anwendungen in den Lebenswissenschaften genannt:

• Frühdiagnose von Krebs
• Bestimmung von Krebs-Stadien
• Individuelle Therapieplanung
• Klassifikation von Respondern/Non-Respondern
• Klassifikation von Bakterien

Die Software PATTERN EXPERT amspect 2

Mit dem Programm "PATTERN EXPERT amspect 2" (analysing mass spectra) ist die Auswertung komplexer und schwieriger Daten vergleichbar einfach möglich. Im Vordergrund steht die Auswertung mit Methoden der Mustererkennung. Mit modernen leistungsfähigen Klassifikationsalgorithmen können Spektren nach verschiedenen Zielkriterien parallel klassifiziert und damit analysiert werden.

Die Arbeit des Anwenders wird mit einer Reihe von Visualisierungsmöglichkeiten unterstützt. Der Nutzer erhält nützliche Informationen darüber, wie die Klassifikation der Spektren erfolgte.

Die Bedienung der Software ist denkbar einfach. Somit können Anwender schon nach kurzer Zeit auf der Basis ihrer Massenspektren ernsthafte Anwendungen erstellen.

Die Software wurde an einer Reihe von Beispielen getestet und hat unübertroffene Ergebnisse geliefert.

Kurze Fallstudie:

Unser Entwicklungspartner, die Arbeitsgruppe von Prof. Klaus Eschrich von der Universität Leipzig (www.uni-leipzig.de), stellte uns 282 Spektren von Bakterien aus 13 Spezies (d.h.: Klassifikation nach 13 Klassen) zur Verfügung. Die Aufgabe war, zu untersuchen ob eine Klassifikation der Spezies auf Basis der Massenspektren möglich ist.

Mit PATTERN EXPERT amspect 2 wurde in einem Kreuzvalidierungstest eine 98.6% richtige Zuordnung (entspricht 278 Spektren) erreicht.

Genomics und Proteomics in einem Werkzeug

Mit PATTERN EXPERT amspect 2 können zusätzlich zu den Spektren auch weitere Informationen ausgewertet werden. Dabei können jedem Spektrum noch weitere Daten, wie zum Beispiel genetische Informationen, insbesondere SNPs oder auch Mikroarray-Daten zugeordnet werden.

Weitere Informationen auf Anfrage.